Il primo nucleo del Museo Pigorini era costituito dalla raccolta personale del padre gesuita Athanasius Kircher, custodito nelle stanze al Collegio Romano, luogo di fondazione del Museo di Luigi Pigorini.
La raccolta era costituita da strumenti fisici e matematici, curiosità naturalistiche, orologi, manoscritti, materiali archeologici. Il museo di padre Kircher era un luogo di incontro e di discussione per naturalisti ed eruditi e divenne una tappa obbligata per quanti visitavano Roma e avevano interesse per le meraviglie esotiche e le invenzioni. Alla morte del gesuita il museo restò abbandonato e solamente nel 1698 il padre Filippo Bonanni, naturalista, ne prese la direzione e ricompose la collezione e ne incrementò i reperti.
Alterne vicende – soppressione dell'Ordine dei Gesuiti nel 1773, ripristinato poi nel 1823 – conducono al decreto Lamarmora del 1870 che acquisisce la custodia del museo allo Statto; all'inventario del 1874 di Edoardo Brizio, Segretario della Soprintendenza delle Antichità Romane; all'idea di destinare il Collegio Romano a sede degli istituti culturali pubblici di Roma.
L'inaugurazione del "nuovo" Museo Kircheriano è il 14 marzo 1876, insieme al Museo Preistorico di Luigi Pigorini, come Antiquarium di materiali etruschi, greci, romani e cristiani. Gli oggetti che non rientravano nel nuovo ordinamento vennero ceduti ad altri musei tra cui il Museo Pigorini. Nel 1881 Luigi Pigorini diviene direttore anche del Museo Kircheriano e i materiali preistorici e etnografici confluirono nel Museo di Preistoria e etnografia.
Nel 1913 cessa di esistere il Museo Kircheriano, le sue collezioni non pertinenti alla preistoria e all'etnografia vengono cedute al Museo Etrusco di Villa Giulia, al Museo delle Terme, al Museo di Castel S. Angelo.
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